Hubmayer a reformáció anabaptista irányzatának legismertebb alakja. Reformátori életműve alapján Luther, Zwingli és Kálvin mellé sorolhatjuk. Egy dologban különbözik csak tőlük, mégpedig abban, hogy Hubmayer nem ismert megalkuvást, és hitbéli meggyőződéséért bátran fölvállalta még a vértanúhalált is.
Hubmayer Németország déli részén, Friedburgban született 1481-ben. Szülei szegények voltak, továbbtanulását nem tudták támogatni. Ennek ellenére magas iskolázottságra tett szert szülővárosa egyetemén, amit saját erejéből és kitartó szorgalmából érhetett el. 1512-ben végzett a friedburgi egyetemen, ahol a teológia doktorává is avatták.
1512–1516 között az ingolstadti egyetem tanára, majd rektora volt. 1516-ban a regensburgi székesegyház főpapjává nevezték ki. Ez a német nagyváros a Duna partján fekszik, ebben az időben a nyüzsgő politikai és vallási élet egyik meghatározó központjának számított. Hubmayer az itt töltött hét éve alatt nagy befolyással bírt a város életére. Szónoki képessége, erőteljes igehirdetése már ebben az időben is nagy tömegeket vonzott. Ez volt Hubmayer katolikus korszaka. Luther röpiratai olyan nagy hatással voltak rá, hogy 1522 körül maga is protestánsnak vallotta magát. Emiatt Regensburg közkedvelt szónoka nem sokáig maradhatott ezt követően hivatalában. Ő azonban kész volt arra is, hogy a nagyvárost otthagyva egyszerű plébánosként folytassa lelkészi működését a svájci határon fekvő Rajna-parti Waldshutban. Az itt eltöltött évek alatt teljes egészében csatlakozott Zwingli reformmozgalmához. Ennek eredményeként szinte az egész város és környéke protestánssá lett. A katolikus egyháztól való végleges elszakadását 1524-ben nősülésével pecsételte meg. Felesége, Hüglein Erzsébet példamutató hűséggel és bátorsággal osztozott sorsában.
Időközben kapcsolatba került a zürichi anabaptista vezetőkkel (Mantz Félix, Grébel Konrád, Reublin Vilmos), akikkel rendszeresen együtt tanulmányozta a Szentírást eredeti nyelven. Evangelizációs körútjai során Shafhausenben, St. Gallenben, Appenzellben, Bázelben prédikál, megtérésre hívta hallgatóit. 1525-ben döntő változás következett be az életében, miután végleg elfogadta az anabaptisták álláspontját a hitvalló keresztség kérdésében. Ez év húsvétján merítkezett be Waldshut közelében a Rajnában Reublin Vilmos lelkipásztor által. Példáját később sokan követték, és hívei közül mintegy háromszáz főt merített be. Vitába szállt korábbi tekintélyes tanítója, Zwingli csecsemőkeresztséget védő nézetével szemben, aki az ószövetségi körülmetélés logikus folytatását látta a szertartásban.
Visszautasította az „újrakeresztelő” jelzőt, hisz a hitvalló keresztség nem „második keresztelő”. A hit nélkül kiszolgáltatott „gyermekfürdetést” érvénytelennek tartotta. Mint képzett teológus röpiratokban, tanulmányokban fejtette ki nézeteit a felvetődő kérdésekre. A keresztség kérdésében a következőt írja:
„Tiltja-e a gyermekkeresztséget Isten igéje? Igen! Mert azt parancsolja, hogy a hívőket kell bemeríteni. Következésképpen ezzel már meg is tiltotta azok megkeresztelését, akik nem hisznek… De azt mondod erre, hogy sehol sem olvasható olyan ige a Szentírásban, mely világosan kijelentené, hogy a gyermekeket nem kell megkeresztelni…, és mivel nincs ilyen tiltás, el lehet végezni a keresztelést. Válaszom erre az, hogy ha így gondolkodom, akkor a kutyámat is és a szamaramat is megkeresztelhetném… mert soha határozott szavakkal az sem volt eltiltva, hogy mindezeket tegyem. Erre azt mondod, hogy szamarakat tilos keresztelni, mert Krisztus emberekhez küldött… Válaszom: igen, hívő embereket kell bemeríteni. Kérdés: akkor hát miért kereszteled a hitre képtelen kisgyermeket?”
Írásait mindig ezzel a jelmondattal fejezte be: „Az igazság halhatatlan.”
A katolikus egyház Hubmayer műveit indexre tette, és mint más anabaptistákkal szemben, ellene is hajtóvadászat indult. Waldshuti gyülekezetével és még számos sorstársával együtt neki is menekülnie és bujdosnia kellett. Erdőkben, távoli parasztházakban jöttek össze. A hatóságok nem nézték jó szemmel a(z ana)baptisták robbanásszerű létszámemelkedését, mint ahogy az egyik kortárs krónikás erről 1526-ban a következőt írja:
„Mindjárt a parasztlázongáskor és utána új egyház támadt, melyet újrakeresztelőknek neveztek. Elöljáróik voltak, név szerint Balthasar Hubmayer, Johannes Hut, Johannes Denk, nem hirdettek mást, mint szeretetet, hitet és a kereszt üzenetét, a sok szenvedésben béketűrőknek, alázatosaknak mutatkoztak. Összetartoztak, és úgy megsokasodtak, hogy felkelésüktől kezdett tartani a világ, pedig ebben ártatlanoknak találtattak.”
A világi és egyházi hatóságok azonban nem találták ártatlannak őket, ezért kegyetlen üldözés indult ellenük Európa-szerte. Hubmayer is börtönbe került hitéért Zürichben. Szabadulása után Morvaországba menekült, ahol a morva testvérek elismert vezetője lett. A morvaországi Nikolsburgban telepedett le, ahova ez időben már számos anabaptista érkezett Svájcból, Tirolból, Németországból. Nikolsburgban az akkor már 2000 tagot számláló anabaptista gyülekezet lelkipásztora lett. Itt is mintegy 600 embert merített be, köztük pártfogóját, Liechtenstein Lénárd grófot is. Morvaországban tehát hatalmas anabaptista szervezkedés indult meg, és Nikolsburg a mozgalom fókuszává vált. Irodalmi munkássága egyre nagyobb tekintélyt adott a lenézett és üldözött közösség számára. Nyomtatásban megjelent 25 munkájából 18-at Nikolsburgban adott ki.
1526–27 között megújította a közösség hitvallását, melyben helyet kapott a népek szabadságának eszméje, az egyház és az állam különválásának, az újjászületett és bemerített hívek gyülekezeti tagságának és az úrvacsora szimbolikus jellegének hangsúlyozása is.
A katolikus vallást védő bécsi udvar számára egyre kellemetlenebbé vált az anabaptisták megállíthatatlannak tűnő növekedése, ezért Hubmayert az osztrák fővárosba rendelték. Bár királyi menlevél védte, Ausztria katolikus uralkodója, I. (Habsburg) Ferdinánd mégis letartóztatta, és 1528-ban máglyahalálra ítélte, hamvait a Dunába szóratta. Feleségét más hitvallókkal együtt három nap múlva – mivel ők is ragaszkodtak a hitvalló bemerítés igazságához – követ kötve nyakukra a Dunába fojtatta.
Mint az egykori hitvalló keresztséget hirdető reformációs mozgalom késői utódai, néma főhajtással emlékezünk meg a bátor hithősökről és a(z ana)baptisták megszámlálhatatlan sokaságú vértanúiról.